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1）子公司是獨立的法人，擁有自己獨立的名稱、章程和組織機構，對外以自己的名義進行活動，在經營過程中發生的債權債務由自己獨立承擔。分公司則不具備企業法人資格，沒有獨立的名稱，其名稱應冠以隸屬公司的名稱，由隸屬公司依法設立，只是公司的一個分支機構。
2）母公司對子公司的控制必須符合一定的法律條件。母公司對子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用間接控制方式，即通過任免子公司董事會成員和投資決策來影響子公司的生產經營決策。而分公司則不同，其人事、業務、財產受隸屬公司直接控制，在隸屬公司的經營范圍內從事經營活動。
3）承擔債務的責任方式不同。母公司作為子公司的最大股東，僅以其對子公司的出資額為限對子公司在經營活動中的債務承擔責任；子公司作為獨立的法人，以子公司自身的全部財產為限對其經營負債承擔責任。分公司由于沒有自己獨立的財產，與隸屬公司在經濟上統一核算，因此其經營活動中的負債由隸屬公司負責清償，即由隸屬公司以其全部資產為限對分公司在經營中的債務承擔責任。
